Quais são as principais obrigações fiscais de clínicas multiprofissionais? Guia para médicos, psicólogos e nutricionistas que atuam juntos

Quando médicos, psicólogos, nutricionistas e outros profissionais da saúde decidem atuar de forma integrada em uma mesma estrutura, surge uma grande oportunidade: oferecer um atendimento mais completo ao paciente. No entanto, junto com essa proposta de valor, também surgem dúvidas importantes — especialmente no que diz respeito às obrigações fiscais de clínicas multiprofissionais.

Isso porque, ao reunir diferentes especialidades sob o mesmo CNPJ, o cuidado com a parte tributária e legal precisa ser redobrado. Desde a escolha do regime tributário até a emissão correta de notas fiscais e a divisão de receitas entre os profissionais, cada detalhe interfere diretamente na saúde financeira e na regularidade do negócio.

Neste artigo, vamos explicar quais são as principais obrigações fiscais para esse modelo de clínica e como evitá-las se tornarem uma dor de cabeça. 

Se você atua (ou pretende atuar) nesse formato, continue a leitura e descubra como manter sua clínica multiprofissional em dia com o Fisco, sem abrir mão da eficiência e da segurança.

Clínica multiprofissional precisa ter CNPJ? Entenda as obrigações fiscais para clínicas multiprofissionais desde o início

Quando médicos, psicólogos, nutricionistas ou outros profissionais da saúde decidem atuar juntos em um único espaço, uma das primeiras dúvidas que surgem é: é obrigatório ter um CNPJ para formalizar a clínica multiprofissional?

A resposta é sim — e não apenas por uma questão legal, mas também estratégica. 

Ter um CNPJ (Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica) ativo é o ponto de partida para regularizar a operação e lidar corretamente com todas as obrigações fiscais para clínicas multiprofissionais, como emissão de notas fiscais, pagamento de tributos e envio de declarações exigidas por lei.

Além disso, ao formalizar a clínica, é preciso definir uma natureza jurídica. O modelo mais comum para clínicas multiprofissionais é a sociedade empresária limitada (LTDA), que permite a participação de diferentes profissionais como sócios e organiza de forma clara as responsabilidades de cada um.

Outro ponto importante é que, com o CNPJ ativo, a clínica passa a ter acesso a benefícios exclusivos, como abertura de conta jurídica, contratação de serviços empresariais e até melhores condições de crédito junto a bancos.

Quando essas obrigações fiscais são organizadas desde o início, a clínica ganha em segurança jurídica, previsibilidade financeira e evita problemas futuros com o Fisco.

Regime tributário para clínicas multiprofissionais: qual o ideal?

Depois de abrir o CNPJ, um dos pontos mais importantes é a escolha do regime tributário. Afinal, é ele que define quanto sua clínica vai pagar de impostos e quais obrigações fiscais deve cumprir.

De modo geral, clínicas multiprofissionais podem optar entre três regimes: Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real. Cada um tem suas particularidades, e a escolha vai depender do faturamento, da estrutura da clínica e da forma como os profissionais estão organizados.

Por exemplo, o Simples Nacional costuma ser a opção mais buscada por clínicas em início de atividade, já que unifica os tributos em uma só guia e simplifica a rotina fiscal. 

No entanto, nem sempre ele é o mais vantajoso, principalmente se a clínica estiver no Anexo V, que aplica alíquotas mais altas.

Por isso, antes de decidir, é essencial fazer uma análise detalhada com um contador especializado, que pode simular os impostos em cada regime e apontar a opção mais econômica e segura para a realidade do seu negócio.

Quais são os impostos e obrigações fiscais para clínicas multiprofissionais?

Para manter uma clínica multiprofissional funcionando de forma legal e financeiramente saudável, é essencial compreender quais são os impostos e obrigações fiscais para clínicas multiprofissionais

Ignorar esses pontos pode gerar não só prejuízos financeiros, mas também complicações com o Fisco.

Entre as principais obrigações está o recolhimento do ISS (Imposto Sobre Serviços), cobrado pelos municípios sobre os atendimentos realizados. Além dele, também podem incidir tributos federais como IRPJ e CSLL, que variam conforme o regime tributário adotado — seja Simples Nacional, Lucro Presumido ou Lucro Real.

Dependendo do enquadramento, a clínica também deve recolher PIS e COFINS, que incidem sobre a receita bruta. No Simples Nacional, esses tributos são reunidos em uma única guia (DAS), mas nos demais regimes são apurados separadamente, o que exige mais atenção contábil.

Além dos tributos, existem obrigações acessórias, como envio de declarações (DASN, DEFIS, DCTF, ECF, entre outras), que devem ser entregues periodicamente para manter a regularidade da empresa. E se a clínica tiver funcionários, também é preciso considerar encargos como INSS patronal e FGTS.

Por isso, ter clareza sobre todas essas obrigações fiscais é essencial para evitar multas, otimizar a gestão financeira e garantir que sua clínica cresça com segurança e tranquilidade.

Nota fiscal em clínica multiprofissional: quem emite e como?

Em uma clínica multiprofissional, onde médicos, psicólogos, nutricionistas e outros especialistas atuam sob o mesmo CNPJ, a emissão de notas fiscais precisa seguir uma lógica bem estruturada — caso contrário, podem surgir problemas com o Fisco e confusões na distribuição da receita.

De modo geral, quando o pagamento é feito diretamente à clínica, é ela quem deve emitir a nota fiscal ao paciente, referente ao serviço prestado. Nesses casos, o valor entra como receita da empresa, e os profissionais recebem seus repasses conforme o contrato firmado internamente.

Por outro lado, se cada profissional atua de forma independente dentro do espaço e recebe diretamente do paciente, a responsabilidade pela emissão da nota pode ser do próprio profissional, com seu próprio CNPJ. Isso é mais comum em modelos de coworking de saúde, onde a clínica funciona apenas como administradora do espaço.

Além disso, é importante ressaltar que o tipo de nota e o tomador do serviço devem ser definidos corretamente, considerando as exigências da prefeitura local, o regime tributário da clínica e os dados do paciente. Erros nesses detalhes podem gerar inconsistências fiscais e até cobranças indevidas de tributos.

Sendo assim, antes de definir o modelo de atuação da clínica, é essencial alinhar quem será o responsável legal pela emissão das notas, garantindo clareza, regularidade e transparência tanto para os profissionais quanto para os clientes.

Como funciona o repasse de valores entre os profissionais da clínica?

Organizar a divisão financeira entre os profissionais de uma clínica multiprofissional exige atenção desde o início. 

Em clínicas onde o paciente realiza o pagamento direto para a empresa, é comum que a clínica concentre os recebimentos e, depois, realize os repasses individuais aos profissionais. Nessa configuração, o valor recebido é contabilizado como receita da clínica, que emite a nota fiscal e, em seguida, repassa a parte devida a cada profissional, conforme os percentuais acordados previamente.

Já em outros modelos, os profissionais utilizam o espaço, mas atendem em nome próprio, com seu CNPJ ou como autônomos. Nesse caso, não há repasse, mas sim um contrato de prestação de serviços ou aluguel de sala, no qual o profissional paga uma taxa à clínica e administra diretamente sua própria receita.

É importante lembrar que, quando há repasse, esse processo deve ser formalizado. Contratos bem estruturados, registro correto dos valores e, se necessário, retenção de impostos como INSS ou IRRF são essenciais para manter a conformidade fiscal da operação.

Definir a melhor forma de estruturar o financeiro entre os profissionais vai além da praticidade: envolve estratégia, clareza jurídica e segurança para todas as partes envolvidas. E, nesse ponto, o apoio de uma contabilidade especializada pode fazer toda a diferença.

Comece sua clínica da forma certa!

Cuidar das obrigações fiscais de clínicas multiprofissionais é muito mais do que cumprir exigências legais — é proteger seu negócio, garantir previsibilidade financeira e manter relações saudáveis entre os profissionais envolvidos.

Ao longo deste artigo, vimos que desde a abertura do CNPJ até a escolha do regime tributário, passando pela emissão de notas, repasses e declarações obrigatórias, cada etapa exige atenção e conhecimento técnico. 

Quando esses cuidados são deixados de lado, os prejuízos podem aparecer em forma de impostos desnecessários, multas ou até conflitos internos.

Por isso, se você está estruturando ou já atua em uma clínica multiprofissional, conte com o suporte de uma contabilidade especializada na área da saúde. Um acompanhamento próximo e personalizado faz toda a diferença para garantir que sua clínica cresça de forma segura, econômica e sustentável.

É nesse ponto que a Valor Contabilidade se destaca. 

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